眼科の個人診療所の院長です。金融機関などから医療法人化を勧められますが、法人成りすべきでしょうか？

まず、医療法人は、良質な医療を永続的に提供するために設けられた制度ですので、その点に留意していただく必要があります。
そのうえで、後継者の育成を含めて中長期のシミュレーションを行い、デメリットも勘案した上で、節税などのメリットが大きいと判断されれば、検討すべきでしょう。

個人の歯科医院の院長です。MS法人を作って節税できるということを聞くのですが、本当でしょうか？

個人の診療所・歯科診療所の場合、たしかにMS法人（メディカルサービス法人）を作り所得の分散や給与所得控除を受けることで節税になります。
しかしながら、税務署はMS法人を税金を不当に減少させるものとみて、税務調査を厳しく行うことが多いです。
そのため、弊事務所では原則として、MS法人の設立はお勧めしておりません。

整形外科の医療法人です。
子どもを理事にして給料を支払っても大丈夫でしょうか？

お子様が常勤で従事する場合は問題ないでしょう。
お子様が医学生で実質的に仕送りと判断される場合や、研修医で兼業禁止規定に抵触すると扱われるような場合には、役員報酬を支給することはできません。
これらに当らない場合でも非常勤となりますので、勤務実態があっても、支給できるのは月額数万円というところではないでしょうか。
税務調査では必ずチェックされますので、法人運営に参画している（勤務実態がある）ことを証明できる資料を備え付けておく必要があります。

内科医院の院長です。
当院は協会けんぽに加入していますが、福利厚生のため、従業員が当院で診療を受けた場合の一部負担金をもらっていません。
何か問題はあるでしょうか？

保険医療機関及び保険医療養担当規則（療養担当取扱規則）では一部負担金は徴収するものとされていることから、一部負担金の免除はできないとされています。
したがいまして、いったん従業員から一部負担金を徴収して、レセコン等に入金処理をすることが必要になります。
従業員に対しては、所得税や社会保険料はかかりますが、同額を福利厚生手当などの名目で給料に加算して支払うというのが良いでしょう。